Журналист Гонгадзе исчез 16 сентября 2000 года в Киеве. В ноябре того же года его обезглавленное тело было обнаружено в лесу вблизи города Тараща Киевской области. Вскоре после этого были обнародованы записи, якобы сделанные бывшим майором госохраны Николаем Мельниченко в кабинете тогдашнего президента Украины Леонида Кучмы. На пленке голос, похожий на голос Кучмы, отдает распоряжение "разобраться с журналистом". Следствие, однако, не рассматривает экс-президента в качестве фигуранта дела об убийстве.

В 2008 году трое бывших сотрудников департамента внешнего наблюдения и криминальной разведки МВД Украины - полковники Валерий Костенко и Николай Протасов, майор Александр Попович - были признаны виновными в совершении убийства журналиста и приговорены к 12 (Костенко и Попович) и 13 годам (Протасов) лишения свободы. Еще один обвиняемый - бывший руководитель упомянутого департамента МВД Алексей Пукач - находился в розыске. При этом заказчики убийства до сих пор не установлены.